Flestar plöntur sem vaxa í sjónum eru svokallaðir þörungar. Þar vaxa einnig nokkrar grastegundir og fléttur (sem einnig eru plöntur) eins og t.d. marhálmur og fjörusverta. Meðal botnþörunga eru þang og þari en þar eru líka margir aðrir þörungar.
Þang eru áberandi, stórir, greinóttir brúnþörungar í fjörunni. Það er fest við grjót eða klöpp með skífulaga festu. Það eru fimm þangtegundir í fjörunni í Flatey: dvergþang, klapparþang, bóluþang, klóþang og skúfþang.
Þari er stórir áberandi brúnþörungar sem að mestu vaxa neðan við lágfjörumörk. Sumir þeirra sjást líka neðst í fjörunni eða í fjörupollum. Þari er festur við botninn með festu sem gerð er úr greinóttum festusprotum (þöngulhaus), upp af festunni er stilkur (þöngull) og upp af stilknum vex blaðka. Fimm þara-tegundir vaxa við Flatey: marinkjarni, stórþari, hrossaþari, beltisþari, dílaþari.
Aðrir botnþörungar eru rauðþörungar, brúnþörungar og grænþörungar. í Flatey eru um 50 stóra tegundir sem sjást með berum augum og annað eins af tegundum sem varla sjást nema í smásjá. Dæmi um þörunga í fjörunni sem hvorki er þang né þari eru söl og maríusvunta.
